Your mother was a chemist

http://kitchenscience.sci-toys.com/

Ik heb mijn moeder maar ook mijn vrouw er wel eens van proberen te overtuigen dat wat zij in de keuken deden ook een vorm van chemie was.  Op de een of andere manier kwam ik daarbij niet erg overtuigend over. Dat kwam misschien wel door mijn opmerking dat ik redelijk veel synthese werk heb gedaan en daar wel geleerd heb om recepten op te volgen en dat ik daarom, als ik het zou willen, best wel zou kunnen koken.  Het probleem met deze bewering is dat ik een hekel aan koken heb en de keuken graag aan anderen overlaat, hetgeen mijn bewering mogelijk wat moeilijker te accepteren maakte. De website die we hier bespreken ondersteund echter wel mijn oorspronkelijke stelling. Onder elk menu item kan men een kookproces vinden waarvan vervolgens uitgebreid de chemische achtergrond wordt uitgelegd. Na die uitleg kan men meestal een recept van een experiment vinden. Dit kan een kookrecept zijn maar ook een meer wetenschappelijk experiment (bv DNA extractie uit een pompoen).  Al met al een smakelijke web site.

Wol onder de microscoop

Wolharen onder de microscoop laten een zeer karakteristieke schubbenstructuur zien. Dat is goed waarneembaar op onderstaande (donkerveld) foto van een (ruwe) wol haar, ingesloten in Euparal. Bij onbewerkte wol loopt er een zwarte streep door her midden. Die is hier niet waarneembaar hetgeen aangeeft dat deze wol al bewerkt is.

Microscoop: Euromex ML 2000, Luckyzoom YW500 HD 5MP USB Cmos Camera Electronic Digital Eyepiece, Objectief 10x (Euromex S. Flat Field 10 0.25 – 160 0.17 DIN)

Raspberry PI snel installeren

Een van de problemen die ik met de Raspberry Pi regelmatig heb is dat als deze niet netje afgesloten wordt (via shutdown) deze soms niet meer opstarten wil. Dat is me nu al verschillende malen gebeurd en de uiteindelijke oplossing was steeds om het operating system opnieuw te installeren. Om dat probleem iets dragelijker te maken heb ik de volgende procedure ontwikkeld waarbij ik gebruik maak van 2 SD kaarten waarop het systeem zo volledig mogelijk geïnstalleerd is. Als er 1 faalt, kan ik altijd weer verder terwijl ik op de defecte weer alles installeer vanaf het hierbeneden beschreven punt. Aangezien ik ook met de GPIO zit te spelen en daardoor ook allerlei drivers installeer helpt dit ook om mijn systeem schoon te houden. Veel van wat hierbeneden beschreven wordt kan men in tijdschriften eb boeken over de Raspberry Pi vinden, ik heb het alleen met een specifiek doel gecombineerd.

Een van de noodzakelijke eisen waaraan men moet voldoen is dat men een PC moet bezitten waarop Windows is geïnstalleerd en die toegang heeft tot het internet.

Voordat men aan de slag gaat moet men een tweetal programma’s installeren op de PC nl. SDFormatter en Win32DiskImager.

SDFormatter gebruikt men om de SD kaart die men op de Raspberry Pi gaat gebruiken te formatteren. Gebruik hierbij de volgende instellingen:

  • Option setting –> Format Size Adjustments: ON
  • Selecteer FAT32 als bestandsysteem
  • Vink de optie “Fast Format” aan

Als men deze actie uitvoert is het verstandig erop te letten dat men inderdaad de SD kaart formatteert en niet de harde schijf.

Download de “Debian” image file van de Raspberry website.

Gebruik het Win32DiskImager programma om de image file op de SD kaart te zetten.

Steek de SD kaart in de Raspberry Pi en laat het systeem opstarten. Bij de 1ste keer opstarten komt men in een configuratiescherm terecht. Daar voer ik twee acties uit:

  • Aanpassen van de regionale instellingen (tijdzone, locatie)
  • De optie om in de grafische schil op te starten selecteren

Laat de Raspberry Pi opnieuw opstarten. Het systeem start nu op in de grafische scheel.

Ikzelf gebruik een Logitech K400 keyboard die zowel een toetsenboard als een touchpad bevat.  Dit toetsenbord is echter ingedeeld volgens de “US”  terwijl de Raspberry Pi aanneemt dat de indeling “GB” van toepassing is, hetgeen kan resulteren in toetsen die een ander leesteken produceren dan men verwacht (bv #). Als eerste pas ik dus het toetsenbord aan.

Open een terminal venster en type daar in:

  • sudo nano /etc/default/keyboard

“Nano” is een heel eenvoudige tekst editor. Het commando “sudo” zorgt ervoor dat men als superuser opstart. Als men geen superuser is kan men geen configuratiefiles aanpassen.  (Als men eerste “sudo su” intypt hoeft men niet steeds voor een commando “sudo” te zetten).

Pas de tekst die weergegeven is aan. Verander XKBLAYOUT = “gb” in XKBLAYOUT = “us”.

Save de file en reboot het system weer.

Open een terminal venster en begin onderstaande commando’s in te typen.

  • sudo apt-get update

Om het system te updaten.

  • sudo apt-get dist upgrade

Om de distributie te upgraden.

  • sudo apt-get upgrade

Om de upgrade te installeren.

  • sudo apt-get autoclean

Om het systeem op te schonen.

  • sudo apt-get autoremove

Om installatie restanten te verwijderen.

Reboot het system. Na opstarten is het besturingssysteem van de Raspberry Pi  helemaal “up-to-date”. Open wederom een terminal venster en begin weer commando’s in te typen.

  • sudo apt-get install chromium

Installeert een alternatieve browser die een stuk sneller is dan de bijgeleverde.

  • sudo apt-get install synaptic

Om de Synaptic Package Manager te installeren.

  • sudo apt-get install geany

Een uitgebreide teksteditor.

  • sudo apt-get install mc

Midnight Commander is een grafische file manager.

  • sudo apt-get install audacity

Voor geluidsbewerking.

Men kan natuurlijk meer programma’s installeren, maar dit is een aardige basis.

Als men de set-up configuratie niet goed aangepast heeft kan men dit achteraf corrigeren door in het terminal venster in te typen:

  • sudo raspi-config

Het configuratiescherm start dan op.

Chromecast aansturing

Enige tijd geleden heb ik een Chromecast gekocht, een apparaatje waar ik erg gecharmeerd door ben. Ik moet echter ook toegeven dat ik het voornamelijk gebruik om naar een van mijn favoriete podcasts te kijken (TWIT). De gemakkelijkste manier om je Chromecast te bedienen is met een Android tablet, omdat je daarop de Chromecast Apps die je wilt gebruiken kunt installeren alsmede dat het tablet je de WiFi geeft die je nodig hebt om contact te maken met de Chromecast. Het alternatief is de Chromecast Plugin in de Chrome browser, maar dat is iets omslachtiger. Zoals op onderstaande foto te zien is heb ik een werkplek in mijn Mancave dusdanig ingericht dat ik TV kan kijken terwijl ik op de PC bezig ben. Via een HDMI selector kan ik kiezen of ik naar de Chromecast, de Western Digital WD TV Live mediaspeler of naar de LG BP350 Blue Ray speler wil kijken. Het tablet is geplaatst in een speciale houder die naast mijn PC monitor is gepositioneerd.

Als Chromecast besturingstablet had ik eerst een goedkoop 7” Archos 70c Cobalt tablet gekocht. De 512 MB intern geheugen die dit tablet had was echter te weinig voor een goede besturing van de Chromecast apps. Een gedeelte van de aansturing verdween na enige tijd. Ook weer enige tijd geleden zag ik bij de Mediamarkt voor 70 € de 7”Lenovo Tab 2 A7-10 liggen die 1 GB intern geheugen heeft. Na deze aan de Chromecast gekoppeld te hebben was het probleem met de verdwenen app besturingselementen opgelost. De opstelling die ik nu heb functioneert naar volle tevredenheid.

Starbucks

Als ik Starbucks bezoek zijn er twee zaken waar ik verwachtingsvol naar uitkijk. Een daarvan is natuurlijk de koffie. De andere is echter welke naam nu weer op mijn beker geschreven zal worden. Ook deze keer werd ik niet teleurgesteld. Mijn naam is Ruud en in ben een blanke man die 1.81 m lang is. Waarom de barista dan denkt dat mijn naam “Ruth” is, hetgeen naar mijn weten een naam is die voornamelijk door vrouwen gebruikt wordt, is mij ook deze keer weer een raadsel.

De basis van de geneeskrachtige werking van planten

Als ik aan kruiden dacht ging ik er van uit dat er wel een component zou inzitten die de geneeskrachtige werking zou kunnen verklaren. Dat deze benadering mogelijk iets te simplistisch was realiseerde ik me wel maar ik dacht er niet al te diep over na. Dat de werking van medicinale kruiden inderdaad iets complexer was werd me duidelijk toen ik het artikel van Arend Wakker doorlas (dat jammer genoeg een beetje te “new age” achtig begint). In dat artikel vat hij de belangrijkste principes kort maar krachtig samen.

Planten bezitten eigenschappen die ze geschikt maken als geneeskrachtige kruiden. Er gelden een paar algemene principes.

  • Planten zitten vol met bactericide en fungicide stoffen met antiseptische eigenschappen.
  • Plantensap is meestal zuur en werkt daarom samentrekkend op onze weefsels. Dit bevordert wonddichtende, bloedstelpende en bloeddrukverhogende eigenschappen.
  • Ons lichaam probeert vreemde stoffen zo snel mogelijk af te voeren: diuretische, laxerende en vomerende eigenschappen.

(“Vomerende” betekent “overgeven”)

Bron:
Arend Wakker; “Een -zeer korte – geschiedenis van medicinale planten”; NVOX; maart 2016; p. 150-152.

Pincet en dekglaasjes

Als microscopist maak je regelmatig preparaten en een van de handelingen die wat lastiger uit te voeren  is het opleggen van een dekglaasje m.b.v. een pincet. Dekglaasjes zijn dun en glad en daarom lastig vast te pakken. De truc is om een pincet met een platte kop te gebruiken en daarover aan een kant een ventielslangetje te trekken. Op die manier heb je goed grip.

Dubbelspaat

Calciumcarbonaat (CaCO3), meestal kalk genoemd, is een van die materialen dat zich op verschillende manieren manifesteert. Zeer bekend zijn marmer en schelpen maar in de natuur vindt men het ook vaak als het mineraal calciet (kalkspaat). Normaal gesproken is het kleurloos of wit maar als er kleine verontreinigingen en/of metaaloxides in het materiaal zitten kan het een roodachtige, roze, paarse of bruinachtige kleur krijgen (denk aan de verschillende soorten marmer).

De heldere kristallen hebben nog een speciale eigenschap en dat is dat ze dubbelbreking (Engels: birefringence) vertonen, in die vorm noemt men ze ook wel dubbelspaat (ook wel Engels: Iceland spar}. Het effect dat dubbelbreking heeft kan men op onderstaande foto zien. Men ziet de woorden die op de onderliggende tekst vermeld staan dubbel.

Dubbelbreking is het verschijnsel dat een op een materiaal invallende lichtbundel wordt gesplitst in twee bundels die een verschillend pad volgen, en die verschillende polarisatie hebben. De heldere kalkspaat kristallen waar het hier om gaat werden vroeger in IJsland gevonden en bij splijting krijgt men makkelijk romboëders, kristallen begrensd door zes ruiten (romben). Op de lichtstralen na die door de hoofdrichting van het kristal vallen worden alle andere invallende lichtstralen dubbel gebroken.

Het verschijnsel dat een lichtstraal die door een kalkspaatkristal valt twee gebroken lichtstralen geeft werd door Erasmus Bartholinis in 1669 ontdekt en door Christiaan Huygens gedeeltelijk verklaard. Fresnel was degene die begin 19de eeuw de volledige verklaring gaf.

Badblocks en Raspberry Pi

Of hoe je je Raspberry Pi ook iets anders kunt gebruiken.

Als je zoals ik al jaren speelt met computers dan zal je ook wel de nodige interne en externe hard disks hebben verzameld. In het kader van een van mijn opruimacties wilde ik van meen van mijn oudere WD USB drives af (160 GB). Hij werkt nog perfect maar de capaciteit is eigenlijk te laag (wat soms een beetje raar kinkt voor iemand die op een C64 met een geheugen van 64 kbit begonnen is).

Wat ik het liefste doe met zulke spullen is ze naar de kringloopwinkel brengen. Met oudere PC’s low level formatteer ik eerst de harde schijf en zet er dan Linux op. Als ik me niet zeker voel en er heeft teveel privé informatie op de harde schijf heeft gestaan haal ik deze eruit en demonteer de harde schijf.

Op zich heb ik dit altijd zonde gevonden en met deze externe harde schijf (vroeger als back up gebruikt) besloot ik het iets anders te gaan aanpakken. Als je iets verder wilt gaan op het gebied van veiligheid dan een low-level format dan wil je de dat elke sector een aantal malen beschreven en weer verwijderd is.

In een PC Active (# 280, 2015, p. 96)  las ik over het Linux commando/programma <badblocks> en ik bedacht me dat ik dat als oplossing voor bovenstaand probleem kon gebruiken. Het commando <badblocks> is bedoeld om te testen of een harde schijf nog in orde is. Daarvoor schrijft het de gehele harde schijf vol met random data en checksums. Vervolgens wordt de data ingelezen en gecontroleerd via de checksum. Voor en na de operatie wordt ook de S.M.A.R.T. uitgelezen. Deze gegevens laten zien hoe gezond de hard disk is maar nog belangrijker, het zorgt ervoor dat de gehele hard schijf beschreven is en niet alleen maar de bootsectors. De operatie duurt wel een tijdje maar dat heb er wel voor over. In dit geval, voor een 160 GB harde schijf, ongeveer 16 uur.

Het is vooral leuk om de Raspberry Pi hiervoor te gebruiken. Dit was ook weer eens zulk een toepassing waar ik nog niet eerder over nagedacht had. Door de Raspberry Pi te gebruiken is het niet nodig om een laptop of desktop uren achter elkaar te laten draaien. Je hoeft ook niet bang te zijn dat er opeens updates geïnstalleerd worden en de operatie afgebroken. Dat is me wel eens onder Windows gebeurd is terwijl ik een harde schijf sector voor sector liet nalopen, hetgeen meer dan 2 dagen duurde.  Met Linux heb je daar geen last van.

De procedure die ik heb gevolgd ging als volgt:

  • Start de Raspberry Pi op
  • Verbindt de externe harde schijf met een van de USB poorten van de Raspberry Pi.
  • Deze wordt herkend, de Filemanager opent automatisch en vraagt of je de disk wilt “mounten”
  • Open een Terminal Window
  • Type in: lsblk
  • Men krijgt nu een overzicht van alle schijven te zien waaronder de USB drive.
    In mijn geval: sda
  • Unmount eerst de harde schijf via de filemanager door op het driekhoekige symbool naast de drive te drukken
  • Type in: sudo badblocks –wsv /dev/sda
  • De schijf wordt nu gecontroleerd en beschreven.

De parameters –wsv refereren naar destructieve read-write modus (-w) waarbij 4 verschillende patronen over de gehele partitie geschreven worden die vervolgens teruggelezen en geverifieerd worden. De voortgang wordt weergegeven door het uitschrijven van block nummers als deze gecontroleerd worden (-s = show, -v = verbose). Alle data op de partitie worden overschreven op block niveau.

Canadapopulier pluisjes

In juli 2017 hingen er veel pluisjes in de lucht en ik vroeg me af wat dat voor pluisjes waren. Deze zijn afkomstig van de Canadapopulier. Deze hoogopgaande boom met rechte stam en open kruin, wordt  in Nederland vaak langs de wegen geplant. De canadapopulier is tweehuizig hetgeen betekent dat er mannelijke en vrouwelijke bomen zijn.  De boom bloeit in april en als de vrouwelijke katjes bestoven zijn met stuifmeel blijven ze na bevruchting tot mei/juni hangen. Dan springt de doosvrucht open en komt het zaadje vrij. Het zaadje is omgeven door wollig pluis waardoor het door de wind meegevoerd kan woeden.

Ik was nieuwsgierig naar dat pluis en heb een monster onder de microscoop bekeken. Onderstaande foto’s zijn met gewoon licht, polarisatie en donkerveld belichting genomen. De draadjes in de pluis laten geen bijzondere kenmerken zien.

Ingesloten in euparal.
Euromex ML 2000, Luckyzoom YW500 HD 5MP USB Cmos Camera Electronic Digital Eyepiece, Objectief 10x (Euromex S. Flat Field 10 0.25 – 160 0.17 DIN)

Licht

Polarisatie

Donkerveld